Bakanja, trzeci z czworga dzieci syn ubogich rolników z plemienia Boanga, przyszedł na świat ok. 1885 r. w wiosce Bokendela-Bekalaka, w równikowej części Konga. W 1905 roku, jako dwudziestoletni młodzieniec, opuścił dom rodzinny, by udać się do pobliskiej Mbandaki, gdzie znalazł pracę jako robotnik w jednej z belgijskich firm budowlanych. Tam też zaczęło się jego życie chrześcijańskie. Nawiązał kontakt z misjonarzami z zakonu trapistów, którzy po raz pierwszy mówili mu o Chrystusie. Po kilkumiesięcznym katechumenacie, 6 maja 1906 r. został ochrzczony i przyjął imię Izydor. Misjonarze, na pamiątkę tego wydarzenia, przyoblekli na jego barki szkaplerz karmelitański, “aby mu przypominał o jego nowej godności chrześcijańskiej”.