Szczególnym miejscem pracy o. Rafała Kalinowskiego był konfesjonał, zarówno podczas jego pobytu w Czernej, jak i w Wadochowicach. Doświadczenie, jakie wyniósł z pełnienia tej posługi, będąc świadkiem wielkich nawróceń, miało istotny wpływ na jego rozumienie tajemnicy miłosierdzia Bożego. Sakrament pokuty był dla niego sakramentem miłosierdzia, wynalazkiem miłości Bożej. To miłosierdzie otrzymujemy dzięki męce i śmierci Chrystusa na krzyżu. Z wdzięczności i świadomości własnych grzechów rodzi się wola współcierpienia z Chrystusem „To tylko ma wartość, co się wycierpi” – często powtarzał to współbraciom oraz siostrom karmelitankom. Swoich słuchaczy zachęcał do podejmowania ofiar: „Dusza miłująca Boga, gotowa jest do złożenia samej siebie w ofierze, by w ten sposób odpowiedzieć na pytanie Zbawcy: czy miłujesz mnie?”. Wszystkich zachęcał do niesienia krzyża: „Każdy z nas musi nieść krzyż swój, gdyż krzyżem jest życie nasze tu, na ziemi i cała wartość naszego życia polega na umiejętnym noszeniu krzyża. W nim tkwi cała nasza pociecha na ziemi i nadzieja wiecznego szczęścia z posiadania Boga”.

Ojciec Rafał często wspominał to szczególne doświadczenie Bożego miłosierdzia, którego sam dostąpił w sakramencie pojednania po kilkunastu latach wewnętrznej walki ze sobą. Wiedząc, jak wielkie znaczenie może mieć okazanie miłości penitentowi, zawsze starał się być łagodny, lecz jednocześnie wymagający. Jedna z karmelitanek napisała po śmierci o. Rafała: „Był dla dusz zakonnych ojcem, bratem, przyjacielem najbardziej oddanym i więcej jeszcze – wiernym naśladowcą naszego Zbawcy. Nic go nie było zdolne zrazić ani powstrzymać, gdy chodziło o pocieszanie duszy lub udzielanie jej rady, zawsze mu na to starczyło czasu, mimo, że stan jego zdrowia był zwykle lichy. Im więcej przykrości przyczyniała mu dusza, tym więcej okazywał jej miłosierdzia i oddania”.

Służył w konfesjonale wiele godzin dziennie, nie zważając na słabe zdrowie i rady lekarzy. O jego wielkiej miłości bliźniego świadczy choćby ta postawa – nacechowana ofiarą. Aby być bardziej dyspozycyjnym dla tych, którzy chcieli się u niego wyspowiadać wstawał bardzo wcześnie i odprawiał zakonne modlitwy, a potem długie godziny słuchał spowiedzi.

Ojciec Rafał, będąc przeorem klasztoru w Wadowicach, orga­nizował pomoc dla młodych dziewcząt, które zeszły na złą drogę. Nie poprzestał jedynie na dobrych radach i zachętach, ale świad­czył im konkretną pomoc materialną. Dla wielu z nich szukał nowych miejsc pracy, dla niektórych znalazł miejsce w klasztorze sióstr miłosierdzia w Krakowie. Rozumiał, że miłość bliźniego ma swoje źródło w Bogu, dla Niego bowiem dusza każdego człowieka znaczy więcej niż cały świat. A zatem miłość Boga wyraża się i znajduje potwierdzenie w miłości bliźniego. Rezygnacja z miłości jest dla człowieka jednoznacznym przekreśleniem miłości ku Bogu.

Św. Rafał często w swoich konferencjach wybiegał w przyszłość, zarówno tę odnoszącą się do życia doczesnego, co wyrażało się w trosce o rozwój zakonu, jak i w nadprzyrodzoną – miał wzrok utkwiony w Niebo. Śmierć bliskich mu osób zawsze skłaniała go do głębszej refleksji nad ową rzeczywistością, która widziana po ludzku – była bolesna, ale przeżywana z Bogiem wprowadzała w życie wieczne. Ostatnie lata życia o. Rafała były naznaczone wielkim cierpieniem fizycznym oraz duchowym. Nigdy jednak nie uskarżał się, wszelkie przeciwności i trudy znosił z wielką cierpliwością. Wielokrotnie wyrażał to w słowach, które kierował do współbraci jako przełożony: „poprzez śluby umarliśmy dla świata, ale wciąż musimy być gotowi na to ostateczne spotkanie ze Zbawicielem, jeżeli w Nim będziemy pokładać całą naszą nadzieję, to i On nas wezwie do swego królestwa”.

Starał się przede wszystkim dawać przykład swoim życiem, by w ten sposób zachęcić innych do naśladowania Chrystusa.

o. Stanisław Fudala OCD