Według św. Rafała życie człowieka wierzącego jest życiem modlitwy, rozmyślań i studium. Na modlitwie człowiek spotyka się nie tylko z Bogiem, ale spotyka się zarówno z sobą samym, jak również ze wszystkimi wiernymi, doświadcza obecności drugiego człowieka. Modlitwa ma zatem wymiar wielopłaszczyznowy, wyraża i pogłębia zażyłość z Bogiem, bliźnimi oraz daje możliwość pełniejszego spotkania się z samym sobą. Daje perspektywę odkrycia, że w oczach Bożych człowiek jest kimś wyjątkowym skoro Bóg się z nim spotyka i rozmawia, jak z przyjacielem.

Modlitwa rozumiana jako dialog, jako osobowe spotkanie z Bogiem z jednej strony wyraża wiarę w Boga, a z drugiej ją także kształtuje. A ponieważ otwiera serce i umysł człowieka na prawdę, którą Bóg pragnie mu dać poznać, otwiera również na to, co Bóg pragnie mu powiedzieć. By jednak usłyszeć Boży głos potrzebna jest samotność, skupienie. Św. Rafał korzystając z nauki ks. Felicjana Antoniewicza, profesora Seminarium Duchownego w Wilnie, swojego kierownika duchowego z okresu przedpowstaniowego, starał się każdego dnia wcześnie rano, duchowo łączyć się z Chrystusem Panem. Podczas tych chwil spędzonych na modlitwie doświadczał szczególnej łaski Bożej obecności. Był coraz mocniej przekonany, że każda chwila poświęcona Bogu na samotności jest Mu bardzo miła, z tego też powodu pragnął jak najczęściej stać w Jego obecności i składać w ofierze dar modlitwy.

Ze swoimi najbliższymi dzielił się tym czego doświadczał na modlitwie, czynił to dlatego, by ich uspokoić co do swojego położenia w jakim się znajdował:

Nieraz miewam chwile tak błogie, jak i wtedy, kiedym w Wilnie z Kościoła św. Katarzyny coraz częstszym odchodził od Stołu Pańskiego. Latem na wyspie mogłem znaleźć samotność, teraz tylko rano, kiedy śpią koledzy, spokój jest w koszarach i nie ma przeszkody w modlitwie: oprócz modlitwy nic nie mam, co bym ofiarował Panu Bogu, uważać ją mogę jako jedyny mój datek: pościć mi nie wolno, jałmużnę nie bardzo jest z czego dawać, do pracy sił nie mam, cierpieć i modlić się tylko mi zostaje. Większych jednak skarbów nie miałem nigdy i nie chcę więcej.

o. Stanisław Fudala OCD