Od stycznia 1943 zdaje sobie sprawę; że jej obecność w Karmelu w Echt, może mieć bardzo przykre konsekwencje dla wspólnoty. Holandia jest pod okupacją niemiecką i jak delikatna sieć mnożą się placówki <SS>. Zarówno Edyta, jak i Róża zostają wezwane do Maastricht, gdzie muszą złożyć oświadczenie o sobie. Wymaga się także od nich, aby na swoim ubraniu nosiły żółtą gwiazdę, znak bycia Żydem. S. Teresa Benedykta stara się wszelkimi sposobami otrzymać wizę do Szwajcarii, aby ukryć się w Karmelu Le Paquier. Ale upragniona odpowiedź nie nadchodzi. Co robić. Czekać przynajmniej na dokumenty? I później wyjechać.
Trzeba pamiętać, że Karmel w Echt, znajdujący się w małej holenderskiej miejscowości, nie za bardzo orientował się w smutnej rzeczywistości politycznej i antyżydowskiej tamtego okresu. Edyta powinna by zostawić kraj ubrana w habit zakonny, bez franka w kieszeni z przyczepioną na piersi żółtą gwiazdą, nastawiona na nieustanne niebezpieczeństwo. Może istniałaby możliwość, aby opuścić Holandię drogą nieoficjalną, ubrana po świecku. Ale w swojej prostolinijności, szczerości i życiu w absolutnej prawdzie, nie czuje się zdolną do ucieczki. Nadto nic nie może odłączyć Edyty od tajemniczego przeczucia, że Boży plan w odniesieniu do niej zaczyna się realizować. Zbliża się bowiem godzina rzeczywistej ofiary.
Przyczyną wybuchu nienawiści i planu zagłady żydów holenderskich jest list pasterski arcybiskupa Jong’a z Utrechtu, odczytany 26 lipca 1942 we wszystkim kościołach Holandii. Zawierał on protest Kościoła przeciwko deportacji Żydów. Natychmiastowa jest odpowiedź SS. Żydzi ochrzczeni, kapłani i zakonnice pochodzenia żydowskiego zostają aresztowani i wywiezieni do obozów koncentracyjnych. Do grupy deportowanych należą także Edyta i Róża. Do klasztoru w Echt przyjechało dwóch urzędników S. Teresa Benedykta musi zostawić klasztor w ciągu minut. W drzwiach oczekuje na nią Róża. S. Benedykta bierze ją za rękę „Chodź, idziemy za nasz naród”. Myśli o narodzie żydowskim.
W nocy z 2 na 3 sierpnia przyjeżdżają do obozu przejściowego w Amersfort. Następnej nocy, wraz z wieloma innymi więźniami żydowskimi zostają przeniesieni do obozu w Westerbork, znajdującego się w całkowicie niezamieszkałej strefie północnej Holandii. Edyta zdoła wysłać jeszcze krótki list do Przeoryszy Karmelu w Echt, który powierza matce jednej z zakonnic, która przyjechała do obozu z walizkami swojej córki. List zawiera krótką prośbę o przysłanie wełnianych skarpet, dwa koce, a dla Róży wełniane ubrania. Ważna jest wiadomość: „Jutro odjeżdża transport Śląsk, Czechosłowacja??) .
Dobrowolnie przyjęła własne przeznaczenie i przeżyła je aż do samej głębi, ofiarując swoje życie za lud izraelski. W krótkim studium (Wynagrodzenie mistyczne) podkreśliła: Zbawiciel nie jest tylko na krzyżu… Każdy człowiek, który w ciągu minionych wieków znosił cierpliwie bolesne przeznaczenie, myśląc o cierpieniach Zbawiciela i wziął na siebie dobrowolnie powołanie do wynagrodzenia, uczynił lżejszym nieopisany ciężar grzechów ludzkości i pomógł Panu nieś jego ciężar: Co więcej, Chrystus Głowa wypełnia swoje dzieło odkupieńcze w tych członkach Mistycznego Ciała, którzy jednoczą się z Nim w duszy i ciele dla Jego dzieła zbawczego: Cierpienie wynagradzające, dobrowolnie przyjęte jest tą rzeczywistością która najgłębiej jednoczy nas z Panem.
Z tą świadomością Edyta Stein pragnie z odwagą i nadzwyczajną mocą doprowadzić do końca swoją misję w Kościele. Dzisiaj nie ma już wątpliwości, że siostry Stein, wkrótce po przybyciu do Auschwitz-Birkenau, zostały zamordowane w komorze gazowej. Edyta miała wtedy 51 lat, Róża 59. Naoczny świadek Luigi Schlutter, który na kilka chwil przed wyjazdem z Westerbork rozmawiał z Edytą, przekazał nam jej słowa: Cokolwiek się wydarzy, jestem na wszystko przygotowana. Jezus jest także tu pomiędzy nami. I będzie Jezus pomiędzy biednymi Żydami, którzy dusząc się, kończyli swoje życie zamknięci w „białym domu” Auschwitz. Śmierć wielkodusznie przyjęta, naznaczoną nieporównywalnym okrucieństwem.
Tajemnica krzyża stopniowo ogarnęła całe jej życie, a na koniec doprowadziła ją do najwyższej ofiary. Jako oblubienica Ukrzyżowanego, s. Teresa Benedykta nie tylko napisała głębokie rozważania o «wiedzy krzyża», ale przeszła aż do końca szkołę krzyża. Wielu naszych współczesnych chciałoby zmusić krzyż do milczenia. Ale nie ma nic bardziej wymownego niż krzyż zmuszony do milczenia! Prawdziwym przesłaniem cierpienia jest miłość. Dzięki miłości cierpienie staje się owocne, samo zaś cierpienie pogłębia miłość.
Przez doświadczenie krzyża Edyta Stein zdołała otworzyć sobie drogę do nowego spotkania z Bogiem Abrahama, Izaaka i Jakuba, Ojcem naszego Pana Jezusa Chrystusa. Dostrzegła, że wiara i krzyż są nierozdzielne. Osiągnąwszy dojrzałość w szkole krzyża, odkryła korzenie, z których wyrosło drzewo jej własnego życia. Zrozumiała, jak wielkie znaczenie ma dla niej to, że «jest córką narodu wybranego i należy do Chrystusa nie tylko duchowo, ale także na mocy więzów krwi».
o. Stanisław Fudala OCD