Przeniesienie ciała
W Madrycie don Luis del Mercado i jego siostra dona Ana del Mercado y Penalosa, “fundatorzy klasztoru w Segovii, otrzymali od ojca Mikołaja od Jezusa Maryi, wikariusza generalnego, ciało czcigodnego ojca Jana, bez względu na to, gdzieby umarł, celem przewiezienia go do klasztoru w Segovii”. Wiedząc o jego śmierci i cudach, jakie o nim opowiadano, zdecydowali się formalnie zażądać przewiezienia resztek z Ubeda do Segovii. Wikariusz generalny wyraził więc zgodę.
Don Luis del Mercado obarcza zadaniem Juana de Medina Zeballos, osobę zaufaną, który, “jako urzędowy sędzia Dworu wyjechał z Madrytu i przybył do Ubeda, gdzie z wielką dyskrecją przedstawił swe pełnomocnictwa przeorowi w obecności dwóch zakonników, aby bez sprzeciwów wydano mu święte ciało”. Bracia zgodzili się.
We wrześniu 1592 został otwarty grób. Wydobyte zeń ciało “nie uległo rozkładowi, mimo dziewięciu miesięcy i zachowało swą świeżość”, jak gdyby zostało dopiero co pochowane. W tych warunkach nie uważano za stosowne przenoszenie go i zdecydowano się ponownie zakryć grób, “wrzucając na wierzch duże ilości wapna, aby przyśpieszyć rozkład ciała i odłożono na później jego przeniesienie”. Mimo zachowania dyskrecji i pewnych środków ostrożności ekshumacja ta nie pozostała nie zauważona przez zakonników z klasztoru.
28 kwietnia następnego roku, po zachodzie słońca, przybywa ponownie do Ubeda Juan de Medina z identycznym zadaniem przeniesienia szczątków ojca Jana do Segovii. Zakonnicy w wielkim smutku przekazali ciało Juanowi de Medina, a on przeniósł je w skrzyni umyślnie przygotowanej do transportu do swojego zajazdu. Trzej zakonnicy zasypali grób, przykryli go płytą i na to miejsce nasunęli dywan tak, jak gdyby nic się nie stało.
Juan de Medina pod osłoną nocy usiłuje jak najszybciej opuścić terytorium Ubeda, a następnie Baeza. Aby zmylić ewentualny pościg, schodzi z głównej drogi do Madrytu kierując się na Jaen. Stamtąd jedzie ze swoimi ludźmi do Montilla. Tuż przed Martos, już za dnia, pojawia się na szczycie osamotnionego pagórka jakiś człowiek, który krzyczy: Dlaczego unosicie gdzieś ciało świętego? Zostawcie go i odnieście tam, gdzie było, nie wywoźcie go. Tajemniczy człowiek powtarza wciąż te słowa. Niosących ogarnęło przerażenie. Juan de Medina opowie później, że “włosy z przerażenia stanęły im na głowie, tak że uniosły kapelusze”. Nie potrafiąc wyjaśnić tych okrzyków, pełni strachu modląc się w ciszy przybyli do Martos, a następnie do Montilla. Stamtąd do Kordowy i Madrytu.
Zgodnie z zaleceniem Anny de Penalosa ciało ojca Jana zostało przetransportowane do klasztoru karmelitanek bosych w Madrycie. Otwarto klauzurę, dzięki czemu wiele osób mogło oddać cześć Świętemu. Wspomniano wtedy na prorocze słowa ojca Jana, wypowiedziane przy pożegnaniu z doną Anną dwa lata wcześniej: “Córko, nie trap się z powodu mojego wyjazdu; wkrótce po mnie poślesz i mnie zobaczysz”.
Z klasztoru karmelitanek ciało zostało przeniesione do oratorium doni Anny i don Luisa. Dona Anna przebrała je w nowy habit i napełniła trumnę kwiatami. Jeszcze raz skorzystano z usług Juana de Medina, aby przygotować transport do Segovii. Mimo że podróż okryta była tajemnicą, w mieście dowiedziano się o wywożeniu ciała i tłum rzucił się w kierunku klasztoru. Drogi orszaku z ciałem omijały główne szlaki, ale mimo tego i tam znajdowali się ludzie, którzy chcieli zobaczyć i uczcić ojca Jana od Krzyża. “Wydobyto święte ciało w stanie nienaruszonym ze skrzyni, w której odbywało podróż i położono na stole przykrytym dywanem pośrodku kaplicy. Ciało wydzielało łagodną woń, która napełniała cały kościół”. W ten sposób wszyscy mogli go uczcić przez osiem dni, aż złożony został w grobowcu.
