Sztuka zarządzania
Przybywając do nowej wspólnoty jako przełożony, Jan od Krzyża stara się przede wszystkim wytworzyć atmosferę zaufania i odprężenia. Zwykł mawiać: “Kto to widział, żeby cnoty i rzeczy Bożych nauczać srogością i surowością?”. Dwoił się i troił, aby jego współbracia z entuzjazmem i radością prowadzili swe życie zakonne.
Jego sposób bycia stanowił dla nich niewątpliwy bodziec w tym kierunku. Nie był pedantyczny: “Bracia z Granady zapewniają, że nie wtrącał się w sprawy powierzone innym, nie usiłował też siłą domagać się swoich praw przełożonego… Nie ścigał zakonnika, który naruszył obowiązujące milczenie, aby go ukarać. Słychać go było niekiedy kaszlącego lub hałasującego wielkim różańcem, aby ostrzec zakonników rozmawiających w czasie obowiązującego milczenia, by się mogli oddalić zanim ich zobaczy” (O. Crisógono).
W ten sposób krok po kroku niweczył przekonanie, panujące wśród wielu zakonników, że jest bardzo surowy dla innych, gdyż wiele wymaga od siebie. Dla człowieka tak wrażliwego, jak ojciec Jan, okazji nie brakowało. Wydaje się dziwne, że mając skłonności do zagłębiania się w życie wewnętrzne i pozornie stroniąc od ludzi, umie ich sobie zjednać i wyczuwa z dużą intuicją potrzeby swego otoczenia, a także potrafi wszystkiemu zaradzić.
Ojciec Ludwik od św. Anioła przekonał się o tym i tak opowiada. Przyjechał dopiero co z Baeza, gdzie ukończył studia uniwersyteckie. Ma zużytą i podartą tunikę. Nie mówi nic, ukrywa ją pod habitem tak, że nikt tego nie dostrzega. Przeor ma jednak bystre oko, dostrzega to natychmiast, ma również ogromne serce i daje mu natychmiast nową. Ojciec Ludwik był tak zaskoczony, że nie wie, jak dziękować. Przeor ucina krótko: to są normalne rzeczy między braćmi i moja powinność, nie trzeba dziękować.
Również chorymi opiekuje się w szczególny sposób. Widać to już od wczesnych lat jego życia. W Baeza poświęcił im wiele uwagi, przygotowując dla nich jedzenie, pielęgnując, pocieszając i zabawiając. Dwoi się i troi. Podczas epidemii jego działalność osiąga szczyt. Tak było i w Granadzie. Zakonnicy smutni i cierpiący przyciągają jego uwagę i wywołują troskę. Daje im pociechę duchową, pomaga odpocząć i rozerwać się. Zazwyczaj idzie z nimi w pole, aby zainteresowany mógł w spokoju wyjaśnić powody swoich trosk.
Lecz współżycie w Los Mártires, jak w każdej wspólnocie, nie zawsze jest idyllą. Znajdują się zawsze trudne charaktery, nieprzyjemne sytuacje, którym przełożony musi stawić czoła. Ojciec Jan nie unika odpowiedzialności ani przykrej strony swojej służby.
Ten sam przeor, który przy jednej okazji daje nową tunikę Ludwikowi od św. Anioła, przy innej okazji poleca w czasie rekreacji zdjęcie zbyt “eleganckiego” okrycia.
Jeszcze większe wrażenie wywarł przypadek, kiedy ojciec Jan od Krzyża musi interweniować stanowczo. Jeden z zakonników przybył na rekreację ubrany w wykwintny sposób, broniąc na dodatek swojego postępowania przy pomocy argumentów historycznych i teologicznych. Dowodził, że sam widział tunikę używaną przez Jezusa Chrystusa i była ona delikatna. Ojciec Jan odpowiada sucho: Jezus Chrystus nie miał, tak jak my, rozpasanych namiętności; nie podważał więc słów, że była to prawdziwa tunika Jezusa. Zakonnik zdjął eleganckie okrycie i oddał przeorowi. Wspólnota odniosła przy tym wrażenie, że Jan jest człowiekiem zdecydowanym.
Na ogół ojciec Jan stosował, zależnie od potrzeb, system pośredni między rygorem w obliczu krnąbrności, a łagodnością w przypadku słabości. Nakłada bez entuzjazmu kary przewidziane prawem zakonnym. Jest mu przykro, ale musi tak czynić. Zakonnicy długo wspominali karą nałożoną na jednego z nich; zgodnie z prawem zakonnym miał przez określony czas pozostawać w swojej celi pod zamknięciem. Zanim zakończył się termin kary, ojciec Jan zwraca się do wspólnoty z pewnym niesmakiem: “Byłem zmuszony wymierzyć karą według naszych praw, lecz czy możliwe, że żaden z was nie przyszedł poprosić, bym zmniejszył karę i pozwolił mu wyjść?”