Stworzyć wspólnotą
Rozpoczynając swój urząd Jan cementuje wspólnotę pewnym szczególnym gestem: wspomina często i chwali poprzedniego przeora. Czyni to ze szczerością. Jeden z podległych mu zakonników, odnotowując ten szczegół, wspomina: “Mówił, że przełożeni muszą często modlić się do Boga, aby dał im roztropność w zarządzaniu zakonnikami, aby nie popełniali błędów i prowadzili do nieba dusze powierzone ich pieczy. Chwalił bardzo ojca Augustyna od Trzech Króli za tę cnotę, którą posiadał w najwyższym stopniu” (Eliseo de los Martires, Dictámenes, 20).
Jan od Krzyża wybrał sobie celę odpowiadającą jego stylowi i gustom. Jest biedna i ciasna; znajduje się w starym skrzydle domu, które do tego momentu pełniło funkcję nowicjatu, a jeszcze wcześniej było mieszkaniem kapelana. Nie chciał mieszkać w nowym skrzydle, niedawno wybudowanym. Przy braku innych wygód, celka ta ma jedną zaletę: okno wychodzi na ogród. Kontakt z naturą sprawia ojcu Janowi ogromną radość.
Znamy również wyposażenie tego pomieszczenia. Składa się ono z: pryczy do spania, deski opartej o mur zastępującej stół oraz stołka do siedzenia. Ozdoby to: drewniany krzyż i wizerunek Matki Bożej. Książki: Pismo św., brewiarz, egzemplarz Flos santorum, jakieś dzieło z dziedziny patrystyki lub teologii z biblioteki, według aktualnych potrzeb. Widzą to wszystko zakonnicy, którzy na co dzień bywają u niego czy to zasięgając porad duchowych, czy też radząc się w sprawach klasztoru.
Kiedy ojciec Jan obejmował władzę w klasztorze Los Mártires, wspólnota była nieliczna, ale z tendencją do powiększania się. Spośród wielu braci, przybyłych z różnych stron, niektórych zna osobiście. Należy do nich ojciec Piotr od Aniołów, który przybył wraz z nim towarzysząc karmelitankom; ojciec Hieronim od Krzyża, towarzysz podróży z okresu pobytu w Baeza, pomagający mu palić listy matki Teresy; Innocenty od św. Andrzeja, który wstąpił do Zakonu, kiedy Jan był rektorem w Alcalá; również jego przyjaciel i podwładny z Baeza.
W pierwszym okresie reformy większość klasztorów miała własne nowicjaty. Fakt ten wpłynął pobudzająco na życie zakonne i wymagał od wszystkich braci prawdziwego przykładu wierności. W tych latach przybywa wielu nowicjuszy: bywają momenty, że ich ilość dochodzi do dziesięciu czy dwunastu. Każdy z nich ma własne doświadczenia w kontaktach z Janem od Krzyża.
Pomiędzy nowicjuszami był tu Alonso od Matki Bożej, siostrzeniec arcybiskupa Granady. Otrzymał odpowiednie zezwolenie i zamierzał udać się do pustelni Kartuzów. Kiedy żegnał się z karmelitami, przełożonemu udało siego namówić, aby został.
Do nowicjuszy z Granady należał Jan Ewangelista, jeden z tych zakonników, z którymi łączyły Jana szczególne więzi przyjaźni i zaufania; był jego spowiednikiem, prokuratorem i sekretarzem. Musiał zasłużyć na zaufanie, skoro Jan często wystawiał go na próbę. Jako ekonom nieraz narzekał przed przełożonym: Ojcze, nie mamy nic do jedzenia, nie ma też pieniędzy, a nas jest tylu; pójdę poszukać czegoś. Przeor odpowiadał mu spokojnie: Nie martw się, ojcze, nie denerwuj się, miej więcej zaufania w Bogu. I faktycznie, zanim wyszedł z domu pojawił się jakiś dobroczyńca. Ten właśnie zakonnik otrzymał od przełożonych zezwolenie na pobyt w tych klasztorach, w których przebywał Jan od Krzyża, gdyż towarzystwo Jana wpływało szczególnie dobrze na jego duszę.
Mimo że Jan od Krzyża wyrobił sobie pewien stały styl rządzenia klasztorami, zdawał sobie sprawę, że Granada to nie to samo, co Baeza. Sytuacja tu była zupełnie inna. W Baeza byli studenci uniwersytetu. Kościół był duży, uczęszczany, znajdował się w środku miasta… W Granadzie natomiast klasztor był pośrodku pól, położenie było niedogodne, kościół mały, nieuczęszczany. Nie ma tu studentów. Klasztor stał samotnie, a on, organizując jego życie wspólnotowe, musi o tym pamiętać.