W Alcalá de Henares

Po powrocie z Alba de Tormes Jan udaje się na powrót do swego klasztoru w Mancera, zajęty formowaniem młodych, do czego jest szczególnie powołany.

Powstało kolegium Bosych w Alcalá de Henares. Otwarto je l listopada 1570. Potrzeba tu więc człowieka wykształconego i pełnego ducha. Któż mógłby być lepszy, niż Jan od Krzyża? Komisarz apostolski, dominikanin, ojciec Pedro Fernandez, po konsultacji z ojcem Antonim, mianuje Jana od Krzyża rektorem tego kolegium w kwietniu 1571. Wyjeżdża więc on natychmiast z Mancera, jak zwykle w towarzystwie brata Piotra od Aniołów.

Od utworzenia uniwersytetu w Alcalá miasto “jest w pełnym rozkwicie…; wraz z Salamanką tworzą centrum kulturalne Hiszpanii”. Tu studenci karmelitańscy mogą uczęszczać na wykłady. Daje się zauważyć ich skromny i skupiony sposób bycia, gdy wędrują na zajęcia uliczkami miasta. Wyjątkowy jest ich rektor, dzięki któremu jest niemało nowych powołań do karmelitów bosych. Syntezą jego nauczania jest maksyma: Religioso y estudiante, religioso por delante (Zakonnik i student, zakonnik jednak przede wszystkim). Zdobywa sobie prestiż wśród profesorów uniwersytetu jako znawca Pisma świętego, jako człowiek biegły w sprawach filozofii i teologii scholastycznej oraz mistrz duchowy.

Pierwsze doświadczenia związane z utworzeniem kolegium w centrum uniwersyteckim potwierdzają dobrą intuicję matki Teresy, gdyż w ten sposób można było liczyć na dobre powołania ze środowisk uniwersyteckich.