Klasztor ufundowany przez karmelitanki poznańskie wyrzucone z Poznania w okresie Kulturkampfu. Regularne życie zakonne rozpoczęto 1 sierpnia 1875 r.

W latach 1903-1904 wybudowany został obecny kościół i klasztor. Karmelitanki z klasztoru łobzowskiego wraz ze swoją fundatorką m. Ksawerą Czartoryską, w wielkiej mierze przyczyniły się do odrodzenia życia karmelitańskiego na ziemiach polskich w drugiej połowie XIX w., przez starania czynione u Generała Zakonu w celu uzyskania pomocy dla odnowy życia zakonnego w jedynym klasztorze ojców w Czernej, poprzez inicjatywę fundacji klasztoru braci w Krakowie oraz przez zabieganie o wstąpienie do Karmelu Józefa Kalinowskiego.