Kaplica mieszcząca się na I piętrze domu ludowego została otwarta w 1942 r. najpierw obsługiwali ją księża z parafii Maniowy. W 1953 r. do Kluszkowiec przybyli karmelici bosi. Przy kaplicy Kuria Metropolitalna w Krakowie erygowała filię parafii Maniowy. Kanoniczne erygowanie domu nastąpiło 17 listopada 1983 r. Dnia 8 maja 1984 r. została erygowana tutaj samodzielna parafia pw. Matki Bożej Częstochowskiej, a 5 sierpnia 2000 r. arcybiskup krakowski Franciszek kard. Macharski konsekrował nowy kościół pw. św. Rafała Kalinowskiego.

W Roku Miłosierdzia (2016), w bocznej kaplicy został wykonany ołtarz Miłosierdzia Bożego. Duszpasterstwem objęta jest także Krośnica, gdzie znajduje się wybudowany w latach osiemdziesiątych kościół pw. Józefa Robotnika, oraz budynek mieszkalny.