Podczas II wojny światowej (1939 -1945)
W roku wybuchu II wojny światowej karmelitanki bose w Polsce liczyły 106 zakonnic w 7 klasztorach. Ich losy w okresie wojny niewiele odbiegały od losów ludności cywilnej. Warunki wojenne były dla nich o tyle trudniejsze, że przywykły do życia w ścisłej klauzurze. W 1939 r. na krótko opuściły swoje klasztory zgromadzenia w Poznaniu i Łodzi, a na rok zgromadzenie łobzowskie, ponieważ ich klasztor został zbombardowany. Na czas remontu zamieszkały w klasztorze na Wesołej. Powróciły tutaj ponownie w 1943 r., kiedy to w ramach ogólnej akcji wysiedlania klasztorów krakowskich, one również otrzymały polecenie opuszczenia swego domu i udania się do klasztoru na Wesołej. Od 1940 r. mieszkały w nim karmelitanki z Poznania. W 1939 r. trzy klasztory, tj. lwowski, przemyski i wileński znalazły się na obszarach zajętych przez Związek Sowiecki. Zgromadzenie lwowskie w celu uratowania klasztoru otwarło przytułek dla bezdomnych staruszek, nad którym opiekę przejął Zarząd Opieki Społecznej, która mianowała świecką kierowniczkę przytułku. Pracę w przytułku otrzymały siostry starsze, młodsze udały się do Krakowa na Wesołą. Po zajęciu Lwowa przez Niemców w 1941 r. w klasztorze umieszczono zakład dla nieuleczalnie chorych. Klasztor przemyski najpierw został zajęty przez przesiedleńców, a następnie przez teatr ukraiński, który istniał tam do 1941 r. W 1941 r. do klasztoru w Przemyślu wróciły zakonnice, które w 1939 r. schroniły się w Krakowie. Karmelitanki wileńskie były jedynym żeńskim zgromadzeniem, które po zajęciu Wilna przez Niemców nie zostało umieszczone w obozie pracy.
Jak już wspomniano wyżej, wiosną 1940 r. znalazło się w Krakowie kilka młodych sióstr z klasztoru lwowskiego. Fakt ten wykorzystał ówczesny prowincjał o. Józef Prus dla zrealizowania planowanej już przed wojną fundacji w Warszawie. W 1941 r. wspomniane siostry wjechały do Warszawy i zamieszkały w domu przy ul. Wolskiej, ofiarowanym na ten cel przez rządcę archidiecezji warszawskiej abpa Stanisława Galla. Niedługo później przybyły tam również karmelitanki z Łodzi, wyrzucone ze swego klasztoru przez władze niemieckie. Oba zgromadzenia przeżyły w mieście powstanie warszawskie. Po upadku powstania zgromadzenie warszawskie zostało wywiezione na krótko do obozu pracy w Niemczech, skąd jeszcze w 1944 r. wyjechało do Krakowa. Do Krakowa przybyły również karmelitanki łódzkie. W ten sposób w klasztorze na Wesołej u schyłku 1944 r. znalazło się prawie 100 karmelitanek bosych z różnych klasztorów.
Do Krakowa zbliżał się front wschodni. W takiej sytuacji przebywanie tak dużej liczby sióstr w jednym domu było bardzo niebezpieczne. Prowincjał postanowił je rozdzielić. Zgromadzenie warszawskie udało się do folwarku należącego do klasztoru w Czernej, łódzkie zaś zamieszkało w domu rekolekcyjnym Sióstr Karmelitanek Dzieciątka Jezus w Czernej. W tym samym czasie podjęto decyzję założenia klasztoru w Zakopanem. Pierwsze zakonnice ze zgromadzenia łódzkiego udały się do stolicy Tatr już w listopadzie 1944 r., jeszcze przed wyzwoleniem miasta. W tym samym miesiącu została wyzwolona Łódź. Mimo że podczas okupacji klasztor w Łodzi został mocno zdewastowany (Niemcy urządzili w nim ciężkie więzienie dla kobiet), prowincjał polecił siostrom łódzkim powrócić do swego domu. Następnego dnia po wyzwoleniu Krakowa, tj. 20 stycznia 1945 r., pierwsze zakonnice wróciły do klasztoru na Łobzowskiej. Na początku 1946 r., karmelitanki wróciły do Warszawy i Poznania. Poznańskie nie odzyskały swojego budynku, zajętego przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego; z konieczności wynajęły willę przy ul. Św. Wojciecha, obok klasztoru karmelitów, i tam pozostają do dzisiaj.
