Następne fundacje
W 1624 r. klasztor krakowski nie mógł przyjmować zgłaszających się kandydatek, ponieważ miał już pełną liczbę zakonnic. Zaistniała potrzeba nowej fundacji. Na jej miejsce przełożeni wybrali Lublin. Koszty materialne pokryli karmelici lubelscy, Konstancja Bużeńska oraz Katarzyna z Kretowskich Ligęza, która w październiku 1624 r. otrzymała habit zakonny we wspólnocie krakowskiej i razem z innymi zakonnicami wyjechała do Lublina. Przełożoną została m. Anna od Jezusa. Przez jedenaście lat zakonnice mieszkały w prowizorycznym klasztorze, w 1635 r. przeniosły się do nowego, zbudowanego na fundamentach obronnego zboru kalwińskiego, kupionego od Rafała Leszczyńskiego, wojewody bełskiego. W latach następnych przy klasztorze zbudowano kościół p.w. św. Józefa.
Kolejny klasztor powstał w 1638 r. w Wilnie i był owocem współpracy klasztoru krakowskiego i lubelskiego. Koszty materialne pokryli Anna Marcybella i Stefan Pacowie, podkanclerzowie litewscy. Cztery lata później, w 1642 r. z tych samych klasztorów wyruszyły zakonnice na fundację do Lwowa. Inicjatorami tej fundacji byli Jakub i Zofia Teofila z Daniłowiczów Sobiescy, rodzice króla Jana III Sobieskiego, który po śmierci rodziców kontynuował ich dzieło. Przełożoną i mistrzynią pierwszego pokolenia karmelitanek lwowskich była m. Teresa od Jezusa (Marianna Marchocka). W 1648 r. z powodu wybuchu wojny na Ukrainie karmelitanki lwowskie schroniły się do Krakowa, skąd w roku następnym wyjechały na fundację do Warszawy, finansowaną przez Jerzego Ossolińskiego, kanclerza wielkiego koronnego. Tutaj w 1652 r. zmarła w opinii świętości m. Teresa Marchocka.
W 1659 r. część zgromadzenia lwowskiego wróciła do Lwowa i wznowiła tamtejszy klasztor. W 1649 r. zgromadzenie św. Józefa w Lublinie założyło drugi klasztor w tym mieście p.w. Niepokalanego Poczęcia NMP. Jego fundatorką była Zofia Daniłowiczowa, wdowa po Janie Mikołaju, podskarbim wielkim koronnym. Ona również zapisała fundusz na fundację w Poznaniu, zrealizowaną dopiero w 1665 r. Pierwszą przełożoną obu klasztorów była m. Barbara od Najśw. Sakramentu (Zadzik), osoba wielkiej świętości i wybitna wychowawczyni nowicjuszek. Zmarła w 1679 r. w Poznaniu.
W 1725 r. z inicjatywy Jana Szembeka, kanclerza wielkiego koronnego, powstał drugi klasztor w Krakowie, na Wesołej. W ten sposób kanclerz pragnął wynagrodzić swej ciotce Helenie Konstancji Rupniewskiej (m. Anna Józefa od Jezusa) krzywdę wyrządzoną jej przez jego rodziców w trakcie podziału majątku. Klasztor, który wówczas wydawał się zbyteczny, w przyszłości stanie się azylem dla kasowanych w innych miastach oraz dla wspólnoty z klasztoru św. Marcina.
Normalny rytm życia karmelitanek w XVII i na początku XVIII w. często zakłócały epidemie i wojny. W ówczesnych warunkach jedynym ratunkiem przed zarażeniem się była ucieczka do miejscowości nie objętych zarazą lub całkowita izolacja. W połowie XVII w. z powodu wybuchu wojny na Ukrainie, a następnie z powodu najazdu szwedzkiego na Polskę wszystkie zgromadzenia musiały opuścić swoje klasztory na wiele lat. I tak np. karmelitanki wileńskie w 1653 r. wyjechały z miasta z powodu epidemii, w 1654 r. z powodu najazdu rosyjskiego, w roku następnym w obawie przed Szwedami. Wróciły do Wilna dopiero w 1667 r. W okresie “potopu” większość zgromadzeń znalazła schronienie na Spiszu, tylko krakowskie w Pradze. W czasie podróży i pobytu poza klasztorami karmelitanki starały się zachować normalny rytm dnia. Przyjmowano kandydatki, nowicjuszki składały śluby zakonne, zakładały nowe klasztory. Epidemie i wojny na ogół oszczędzały zakonnice, gorzej było z klasztorami. W połowie XVII w. wszystkie klasztory uległy całkowitemu lub częściowemu zniszczeniu. Dlatego dopiero w drugiej połowie tego wieku całą energię pochłonęła odbudowa zniszczeń “potopu”. Surowa klauzura nie separowała klasztorów od społeczeństwa, w którym żyły. Można mówić o znacznym wpływie apostolskim klasztorów na rodziny dobrodziejów i fundatorów, na rodziny zakonnic, na tych, którzy uczęszczali do ich kościołów lub też szukali przy furcie klasztornej pomocy duchowej.
