W zarządzie generalnym
W czasie kapituły generalnej w Madrycie w czerwcu 1588 została powołana konsulta jako stały, kolegialny organ rządzenia. Oprócz wikariusza generalnego wybrano sześciu konsultorów i czterech definitorów. Zarówno ojciec Jan od Krzyża, jak i o. Antoni od Jezusa obejmują obydwa urzędy. W sumie było więc ośmiu rzeczywistych członków; wliczając również ojca wikariusza i o. Grzegorza od Aniołów, sekretarza, rada liczyła dziesięć osób.
W tej grupie ojciec Jan sprawuje urząd pierwszego definitora i trzeciego członka konsulty. Jako pierwszy definitor zastępuje o. Dorię podczas jego długich nieobecności, spowodowanych wizytacjami klasztorów. Jaka jest pozycja Jana od Krzyża wewnątrz tego zarządu kolegialnego, który spowodował tak gwałtowną reakcję wśród ojców i sióstr, także tych najlepszych? Oczywiście rozważył wszystko i działa z niezwykłym taktem. Nie skłania się na żadną stronę. Początkowo nie stawia przeszkód ani nie robi trudności konsulcie, jako zarządowi Reformy. Aprobuje jej poczynania i współdziała lojalnie. Pod tym względem zdecydowanie odcina się od przeciwników, takich jak o. Gracian czy sama Anna od Jezusa, tak wielka zresztą przyjaciółka ojca Jana.
W ramach tej współpracy, szczerej i lojalnej, wyróżnia się jasnością umysłu, odpowiedzialnością i wolnością w ocenianiu własnymi kryteriami każdej decyzji tego kolektywnego organizmu. Nie przystaje z zamkniętymi oczyma na wszystko, co konsulta proponuje. W tym różni siec również od bezwzględnych zwolenników o. Mikołaja Dorii. Na niektórych zebraniach, kiedy nikt nie śmie ust otworzyć, glos ojca Jana nabiera uroczystego akcentu i szczególnej wagi, prawie nie do odparcia. Nieco dalej objaśnimy tę kwestię.
W 1588 konsulta przenosi swą rezydencję do Segovii, by w ten sposób uniknąć nacisków, jakie dwór i szlachta mogłyby wywierać na przełożonych wyższych, gdyby zarząd generalny rezydował w Madrycie. W zamian za przysługi mają oni zwyczaj wymagać przywilejów i szczególnego traktowania dla niektórych ojców i sióstr. Jednakże pobyt konsulty w Segovii trwa tylko dwa lata. W sierpniu 1590 powraca ona znowu do Madrytu. Stosunki z dworem zmuszają ją do przeniesienia swojej rezydencji do stolicy.
Zadaniem pierwszorzędnym konsulty było rządzenie, a nie stwarzanie problemów lub wzbudzanie niechęci. W rozdziale jej poświęconym można przeczytać o różnych jej przedsięwzięciach, w których brał udział również ojciec Jan: prawodawstwo, podręczniki formacyjne, liturgia i obrzędy, fundacje klasztorów. Wyjąwszy sytuacje konfliktowe, o których później będziemy mówić, ten organizm umie pracować i rządzić.
Ojciec Jan jest łatwy we współżyciu. Był w bardzo dobrych stosunkach z o. Dorią. Umiał załatwiać sprawy urzędowe zgodnie ze wskazaniami wikariusza generalnego. Ze swej zaś strony o. Mikołaj Doria cenił go jako współpracownika i jako mistrza duchowego. W rozmównicy karmelitanek bosych wyraża jednego dnia swój podziw: “Słowa ojca Jana są jak ziarnka pieprzu: pobudzają apetyt i rozgrzewają”. Niemała to pochwała w ustach o. Dorii.
