Wraz z wybuchem drugiej wojny światowej nastąpiły zmiany administracyjne na podbitych przez III Rzeszę terenach. Część Wadowic znalazła się w granicach Niemiec, a część leżąca na drugim brzegu rzeki Skawy, w Generalnym Gubernatorstwie. Niemcy wkroczyli do miasta 4 września 1939 roku. Niebawem w klasztorze karmelitów bosych pojawiła się jednostka straży granicznej, która przejęła dla siebie na koszary całe skrzydło, służące do tej pory za internat dla chłopców z prywatnego gimnazjum. Niemcy zajmowali je przez cały okres wojny do stycznia 1945 roku. W tym miesiącu, 26 stycznia, do Wadowic wkroczyły wojska 38 Armii IV Frontu Ukraińskiego gen. Kiriłła Moskalenki wyzwalając miasto. Przed opuszczeniem miasta Niemcy zaminowali zabudowania klasztoru i internatu. Dzięki szczególnej opiece św. Józefa klasztor uniknął zniszczenia. W dowód wdzięczności za ocalenie wadowicka wspólnota karmelitów bosych ufundowała św. Józefowi pamiątkową tablicę w prezbiterium kościoła.