Modlitwa jest związana z ascezą. Modlitwa w dużej mierze zależy od stopnia oczyszczenia się ze wszystkiego co nie jest Bogiem i do Niego nie prowadzi. Podstawową praktyką ascetyczną jest ćwiczenia się w cnotach. Święty zaleca, by to ćwiczenie w cnotach kontrolować na rachunkach sumienia.

W rozumieniu św. Rafała – istotą świętości są cnoty teologalne. One bowiem zawierają i wyrażają w sobie to, co najważniejsze w życiu człowieka. Uzdalniają go do udziału w życiu samego Boga, zarówno tu na ziemi, jak również i po śmierci.

Od chwili nawrócenia w sposób szczególny przeżywał swoją więź z Kościołem. Najpierw była to wdzięczność za sakramenty święte, zwłaszcza za chrzest, sakrament pokuty i Eucharystię. "W nędzy życia mojego w cóż bym się obrócił, jeśli bym nie miał otwartych skarbów w Kościele Twoim, o dobry Zbawicielu?"