Granada-Lizbona 1585, wyjazd i powrót
Będąc posłusznym wezwaniu do wzięcia udziału w posiedzeniu kapituły prowincjalnej, ojciec Jan od Krzyża, wraz z delegatem wybranym przez wspólnotę, wyruszyli w drogę do Lizbony. Kapituła rozpoczęła się 11 maja 1585. Drugim definitorem wybrano Jana od Krzyża. Ojciec Hieronim Gracian proponuje, aby ojciec Mikołaj Doria był jego następcą na urzędzie prowincjała. Ojciec Doria, od pewnego czasu przebywający w Genui, swym mieście rodzinnym, został wybrany miażdżącą przewagą dwudziestu sześciu głosów na trzydzieści obecnych. Podobno ojciec Jan powiedział wówczas do ojca Graciana tonem półproroczym, świadczącym o jego wielkiej przenikliwości: “Jeśli Wasza Wielebność uczyni go prowincjałem, on zdejmie Wam habit”. Jakkolwiek było, sprawy tak się właśnie potoczyły.
Wobec nieobecności nowo obranego prowincjała, przewodniczył kapitule pierwszy definitor, ojciec Gracian, który powiadomił, że już dawniej dał ojcu Janowi od Matki Bożej pozwolenie na udanie się z czterema zakonnikami do Meksyku. Król Filip II, przebywający akurat w Barcelonie, powiadomiony o tym, że Consejo de Indias zgodziła się wysłać nie czterech, ale dwunastu zakonników, na pamiątką dwunastu apostołów, poparł całe przedsięwzięcie. Nalega przy tym na przyśpieszenie przygotowań, by mogli zabrać się z flotą, która wypłynie w lipcu z Sewilli w kierunku Nowej Hiszpanii (Meksyk). Definitorzy zaaprobowali wysłanie dwunastu braci i 17 maja zredagowano odpowiedni dokument, podpisany przez wszystkich. Jako drugi złożył swój podpis Jan od Krzyża. Kapituła postanowiła napisać do Consejo de Indias, “dziękując za przychylność okazaną naszemu Zakonowi”. Ojciec Hieronim Gracian, zadowolony z podjętych kroków, napisze kilka lat później: “Podczas kapituły w Lizbonie nie podjęto innych decyzji, ponieważ powstały wątpliwości o prawomocność postanowień wobec nieobecności prowincjała; odłożono więc dalszy ciąg obrad do chwili przybycia z Genui nowo wybranego prowincjała. Wydaje się więc cudem, że udało się uzyskać zezwolenie na wysłanie ojca Jana do Meksyku, ponieważ gdyby oczekiwano z tym na przybycie prowincjała, nie wyjechaliby nigdy”.
Podczas pobytu Jana od Krzyża w Lizbonie wielu składało wizyty stygmatyzowanej przeoryszy klasztoru Zwiastowania NMP, Marii od Nawiedzenia. Jan uprzejmie odmówił pójścia w odwiedziny, mimo uporczywych nalegań niektórych ojców. Był przekonany i powiedział głośno, że jest to oszustwo i widzi w tym przedstawienie teatralne. Z Biblią w ręku poszedł na spacer na brzeg morza, aby czytać i rozważać słowo Boże, którym karmił swoją wiarą. Byłby niepocieszony, gdyby musiał żywić ją oglądaniem fałszywych stygmatów mniszki.
Podczas drogi powrotnej do Granady zarzuca towarzyszowi podróży, Bartłomiejowi od św. Bazylego, kult mniszki z Lizbony i zobowiązuje go do wyrzucenia wszystkich pochodzących od niej relikwii.
