Ten ogień bowiem, który później łączy się z duszą napełniając ją chwałą, jest tym samym, który ją przedtem ogarnia i oczyszcza, podobnie jak ogień przenikając do wewnątrz drewna jest tym samym, który z początku ogarnia je i rani swymi płomieniami, osuszając je i oczyszczając ze wszystkich brudów, aż żarem swoim tak je przygotuje, iż będzie mógł wejść w nie i przeobrazić w siebie. Osoby duchowe nazywają to drogą oczyszczającą. W tym działaniu doznaje dusza wielu utrapień, przebywa ciężkie udręki duchowe, które zwykle udzielają się i zmysłom; jest więc ten płomień bardzo dla niej dręczący. W okresie bowiem oczyszczenia przygotowującego nie jest on dla niej tak promienny, lecz ciemny, a jeśli czasem daje jej nieco światła, to tylko na to, aby zobaczyła i odczuła swe nędze i ułomności.
Bóg jest całkowicie inny, niż my, co biblijna tradycja nazywa Jego świętością. Choć, poddani złu i grzechowi, tak bardzo się od Niego różnimy, On chce wejść z nami w zażyłą relację, chce się z nami zjednoczyć. Chce podarować nam swoją świętość i chwałę. Na spotkanie z tą czystą miłością i świętością trzeba się przygotować, a właściwie pozwolić, by Bóg w swej łaskawości sam oczyścił nas z tego, co sprzeciwia się Jego woli i naszej godności. Mówi się, że wszystko jest po coś. Św. Jan od Krzyża dopowiada, że wszystko służy naszemu dobru, może przyczynić się do udoskonalenia naszej miłości, jeśli tylko nie stracimy z oczu Boga. Niech żadne cierpienia i utrapienia nam Go nie zasłonią. Nie pozwólmy sobie zabrać wiary w Jego miłującą opatrzność.